• Kadın Hastalıkları ve doğum doktorunun yaptığı genel ultrasonografik inceleme sırasında  kalp görünümünün  normal olmadığından şüphelenmesi,Ailede ( anne, baba, kardeşler ve 1. derecede akrabalarda)  doğuştan kalp hastalığı öyküsünün olması (Böyle bir durumda yeni doğacak bebekte doğuştan kalp hastalığı görülme riski normalin 2-3 katına çıkar).
  • Gebelik sırasında diabetes mellitus (gestasyonel diabet) saptanması ya da anne adayında daha önceden bilinen diabetes mellitus tanısı
  • Annede bağ dokusu hastalığı (SLE, Sjögren sendromu) olması (Anti-SSB antikorları olan gebelerin bir kısmında doğuştan AV tam blok görülmektedir).
  • Annenin gebeliğin erken dönemlerinde teratojen adını verdiğimiz bebeğin organlarının gelişimini bozabilecek ilaç yada maddelere maruz kalması
  • Annenin gebeliğin erken dönemlerinde geçirdiği bazı enfeksiyonlar
  • Aminyosentezde bebekte kromozomal bozukluk saptanması, ya da ultrasonografik incelemede kromozomal bozukluk düşündüren bulguların olması
  • Ultrasonografik inceleme sırasında bebeğin diğer organ sistemlerinde (örneğin beyin, böbrekler, mide-bağırsak sistemi) gelişimsel bozukluk belirlenmesi
  • Bebeğin kalp hızında direngen yükseklik yada düşüklük  olması. Bebeğin  kalp ritminin düzensiz olması
  • Annenin fenilketonüri hastası olması
  • Bazı merkezlerde 35 yaş üzeri gebeliklerde  ve çoğul (ikiz, üçüz) gebeliklerde de fötal ekokardiyografi  uygulanır.
  • Fötal ekokardiyografi nadir olarak da ailenin endişelerinin giderilmesi için yapılır.